Sepanjang sejarah Indonesia telah mempunyai 22 orang yang menjabat sebagai Menteri Agama. Jumlah ini belum termasuk 2 pejabat yang menjabat sebagai Menteri Agama ketika Pemerintahan Darurat RI dan ketika dijabat oleh Pelaksana Tugas pada tahun 2014.
1. Daftar Menteri Agama RI
Berikut ini ialah nama-nama yang pernah menjabat sebagai Menteri Agama Republik Indonesia.
1. KH. Wahid Hasyim
KH. Wahid Hasyim tetap dianggap sebagai Menteri Agama pertama kali. Meskipun pada ketika penyusunan kabinet pertama kali sesudah Indonesia merdeka (Kabinet Presidentil pada 19 Agustus 1945), tidak ada jabatan Menteri Agama. Baru pada Kabinet Sjahrir II (1946) diangkat Menteri Agama. Pada ketika ini adanya ialah Menteri Negara Urusan Agama Islam.
KH. Wahid Hasyim menjabat sebagai Menteri Negara Urusan Agama Islam pada kabinet Presidentil (19 Agustus 1945 - 14 November 1945), dan Menteri Agama di tiga kabinet yang berbeda yaitu ketika Republik Indonesia Serikat/RIS (20 Desember 1949 - 6 September 1950), Kabinet Natsir (6 September 1950 - 3 April 1951), dan Kabinet Sukiman Suwirjo (27 April 1951 - 3 April 1952).
2. H. Rasjidi
H. Rasjidi menjabat sebagai Menteri Negara Urusan Agam Islam pada Kabinet Sjahrir I (14 November 1945 - 12 Maret 1946) dan sebagai Menteri Agama pada Kabinet Sjahrir II (12 Maret 1946 - 2 Oktober 1946).
3. KH. Fathurrahman Kafrawi
KH. Fathurrahman Kafrawi merupakan Menteri Agama pada Kabinet Sjahrir III (2 Oktober 1946 - 26 Juni 1947).
4. KH. Achmad Asj'ari
Beliau menjabat sebagai Menetri Agama di Kabinet Amir Sjarifuddin I yang dibuat pada 3 Juli 1947. Namun belum usai kabinet ini, dia sudah diganti oleh H. Anwaruddin pada 9 Oktober 1947.
5. H. Anwaruddin
H. Anwaruddin merupakan Menteri Agama dalam Kabinet Amir Sjarifuddin I yang menggantikan KH. Achmad Asj'ari. Menjabat mulai dari 9 Oktober 1947 - 11 November 1947.
6. KH. Masjkur
KH. Majkur menjabat sebagai Menteri Agama dalam beberapa kabinet yang berbeda, yaitu:
- Amir Syarifuddin II (11 November 1947 - 29 Januari 1948)
- Hatta I (29 Januari 1948 - 4 Agustus 1948)
- Hatta II (4 Agustus 1949 - 20 Desember 1949)
- Susanto (20 Desember 1949 - 21 Januari 1950)
- Ali Sastroamidjojo I (30 Juli 1953 - 12 Agustus 1955)
7. KH. Fakih Usman
KH. Fakih Usman menjabat sebagai Menteri Agama RI dalam dua kabinet yaitu: Halim (21 Januari 1950 - 6 September 1950) dan Wilopo (3 April 1952 - 30 Juli 1953).
8. KH. Muhammad Ilyas
Menjabat sebagai Menteri Agama dalam tiga kabinet, yaitu Kabinet Burhanuddin Harahap (12 Agustus 1955 - 19 Januari 1956). Kabinet Ali Sastroamidjojo II (24 Maret 1956 - 14 Maret 1957), dan Kabinet Karya (9 April 1957 - 10 Juli 1959).
9. KH. M. Wahib Wahab
Menjabat sebagai Menteri Agama di dua kabinet, yaitu Kabinet Kerja I (10 Juli 1959 - 18 Februari 1960) dan kabinet Kerja II (18 Februari 1960 - 6 Maret 1962)
10. KH. Saifuddin Zuhri
Menjabat sebagai Menteri Agama di lima kabinet secara beruntun, yaitu:
- Kerja III (6 Maret 1962 - 13 November 1963)
- Kerja IV (13 November 1963 - 27 Agustus 1964)
- Dwikora I (27 Agustus 1964 - 22 Februari 1966)
- Dwikora II (22 Februari 1966 - 28 Maret 1966)
- Ampera I (28 Juli 1966 - 14 Oktober 1967)
11. KH. Moh Dahlan
Menjabat sebagai Menteri Agama pada Kabinet Ampera II (14 Oktober 1967 - 10 Juni 1968) dan Kabinet Pembangunan I (11 September 1971 - 29 Maret 1978) namun mengalami penggantian pada 28 Maret 1973.
12. Prof. Dr. H. Abdul Mukti Ali
Prof. Dr. H. Abdul Mukti Ali merupakan Menteri Agama pengganti KH. Moh Dahlan yang diresufle pada 11 September 1971. Juga menjadi Menteri Agama di kabinet berikutnya, Kabinet Pembangunan II (28 Maret 1973 - 29 Maret 1978).
13. Alamsyah Ratu Perwiranegara
Menjabat Menteri Agama dalam Kabinet Pembangunan III (29 Maret 1978 - 19 Maret 1983)
14. KH. Munawir Sjadzali MA
Menjabat selama dua periode yaitu di Kabinet Pembangunan IV (19 Maret 1983 - 21 Maret 1988) dan Kabinet Pembangunan V (21 Maret 1988 - 17 Maret 1993)
15. dr. Tarmizi Taher
Diangkat menjadi Menteri Agama dalam Kabinet Pembangunan VI (17 Maret 1993 - 14 Maret 1998)
16. Prof. Dr. Quraish Shihab
Menjabat sebagai Menteri Agama pada Kabinet Pembangunan VII (14 Maret 1998 - 21 Mei 1998)
17. Prof. A. Malik Fajar, M.Sc
Merupakan Menteri Agama ketika Kabinet Reformasi Pembangunan (23 Mei 1998 - 20 Oktober 1999)
18. Drs. KH. M. Tolchah Hasan
Menduduki jabatan Menteri Agama ketika Kabinet Persatuan Nasional (26 Oktober 1999 - 23 Juli 2001)
19. Prof. Dr. Said Agil Husin Al Munawar
Menjabat sebagai Menteri Agama ketika Kabinet Gotong Royong (9 Agustus 2001 - 20 Oktober 2004)
20. Muhammad Maftuh Basyuni, SH
Menjabat Menteri Agama ketika Kabinet Indonesia Bersatu (21 Oktober 2004 - 20 Oktober 2009)
21. Drs. H. Suryadharma Ali, M.Si
Menjabat sebagai Menteri Agama dalamKabinet Indonesia Bersatu II dan dilantik pada 22 Oktober 2009. Namun pada 26 Mei 2014 mengundurkan diri dan digantikan sementera oleh Pelaksana Tugas (Agung Laksono). Pada 9 Juni 2014 digantikan oleh Lukman Hakim Saifuddin sampai berakhirnya masa kabinet yaitu 20 Oktober 2014.
22. Drs. H. Lukman Hakim Saifuddin
Drs. H. Lukman Hakim Saifuddin diangkat menjadi Menteri Agama menggantikan Drs. H. Suryadharma Ali, M.Si yang mengundurkan diri (pada sisa periode Kabinet Indonesia Bersatu II yaitu dari tanggal 9 Juni 2014 - 20 Oktober 2014). Kemudian diangkat lagi dalam Kabinet Kerja mulai 27 Oktober 2014 sampai sekarang.
2. Gambar Grafis Daftar Menteri Agama
Daftar Menteri Agama dari pertama sampai yang terakhir (saat ini masih menjabat) beserta periodesisasinya sanggup disimak dalam gambar grafis berikut ini.
Itulah daftar Menteri Agama mulai dari Menteri Agama yang pertama kali sampai yang masih menjabat ketika ini.